Dokument och arkivmaterial har kontinuerligt tillfogats museets samlingar sedan grundandet 1904.
Något egentligt arkivutrymme hade inte museet före kansliet fick ett eget hus i början av 1980-talet. En hörnkammare blev då reserverad till arkiv i ”Lilla byggnaden”. Ett par ritningsskåp och några meter hylla rymdes dit. De mest kända och anlitade arkiven fick utrymme på hyllan medan de andra förblev nerpackade. Museets kansli i lilla byggnaden blev också för litet för den växande verksamheten och 2002 flyttade personalen över till granngården vid Storgatan 4. Här har nu arkivet fått bra utrymmen och en indelning i olika avdelningar har kunnat göras.

Dokumentarkivet förfogar för tillfället över två rum med rullhyllor, ett för förenings- och företagsarkiv och ett för privatpersoners och familjearkiv. Ungefär 100 hyllmeter handlingar har tills vidare fått rum på dessa hyllor och mängden ökar hela tiden vartefter arkivarbetet fortskrider. Bland de mest anlitade arkiven kan nämnas Malmska och Strengbergska handelshusens arkiv, Jakobstads sjömanshus arkiv, författarinnan Anna Bondestams arkiv och sockenskrivarsläkten Brunbergs tjänstearkiv.